Wnętrze kaplicy Najświętszego Sakramentu zostało zakomponowane jednolicie według ogólnego planu ks. Józefa Karśnickiego, wraz z ołtarzem oraz rokokową polichromią na sklepieniu i ścianach. Wykonał ją w latach 1770 - 1775 Bartłomiej Gołębiowski (uczeń Szymona Czechowicza), po jego śmierci dokończył Maciej Reychan. W 1933 została przemalowana przez Juliana Makarewicza. Stanowią ją sceny ujęte w ramy iluzjonistycznej architektury: Anioł budzący Eliasza na puszczy, Spotkanie Melchizedeka z Abrahamem, Alegoria Kościoła wśród aniołów, Manna Niebieska, Umywanie nóg przed Ostatnią Wieczerzą, Niewierny Tomasz oraz Mojżesz i papież. Ponad sklepieniami kaplicy zachowały się pozostałości polichromii późnorenesansowej z 1610. Okna zamknięte są półkoliście, od wschodu jest zamurowane okno ostrołukowe (widoczne z zewnątrz). Boazeria i ławy z nią połączone zostały zaprojektowane i wykonane najpewniej w latach 1770 - 1772 przez Macieja Polejowskiego.

Ołtarz w kaplicy został ufundowany w 1766 przez ks. Jana Kantego Ligęzę, sprowadzony z Czernej. Jest późnobarokowy, z czarnego marmuru inkrustowanego paczółtowickim, z rokokowymi partiami drewnianymi dłuta Wojciecha Rojowskiego. Część środkowa jest ujęta w skośne, wolutowe pilastry, niskie partie boczne imitują bramki. Na wysuniętych konsolach stoją posągi aniołów, w polu środkowym znajduje się obraz Ostatniej Wieczerzy (malował Baranowski 1767). Tabernakulum jest barokowe (1699), architektoniczne, trójdzielne, wykonane przez Karola Kulickiego w Krakowie z czarnego drewna, ze srebrnymi plakietami figuralnymi, bogato okute srebrną dekoracją roślinną. Właściwe cyborium jest srebrne, wczesnobarokowe (1639), w formie rotundy o bogatej, trybowanej dekoracji. Marmurowa balustrada przed ołtarzem jest późnobarokowa (1771 - 1772), autorstwa Macieja Polejowskiego. Do zabytkowego wyposażenia kaplicy należą także między innymi dwa wielkie, renesansowe świeczniki brązowe, na późniejszych podstawach z czarnego marmuru.

W prezbiterium znajdują się dwa wielkie świeczniki z czarnego marmuru (1789). Boazerie, komody i szafy w obu zakrystiach są klasycyzujące (1802), z rokokową ornamentacją i koszami kwiatów. W zakrystii wikariackiej jest późnobarokowe lavabo (2. połowa XVIII wieku), z czarnego marmuru inkrustowanego białym, z lanymi z brązu, figuralnymi kurkami. Boazeria, szafy i półki biblioteczne w kapitularzu, z rokokową dekoracją pochodzą z 1791 roku.

W składziku za kaplicą Najświętszego Sakramentu wmurowana jest kamienna, gotycka płaskorzeźba Chrystusa z niewiernym Tomaszem (XIV/XV wiek), w arkadkowo-maswerkowym obramieniu, być może fragment portalu. Na filarze naprzeciwko ambony wisi gotycki krucyfiks z tęczy (1. połowa XV wieku), z późnobarokowymi aniołkami i chmurkami u dołu. W kruchcie północnej jest gotycka figura Matki Boskiej (początek XV wieku), być może także pochodząca z belki tęczowej.

W kościele rozmieszczonych jest kilkanaście nagrobków i epitafiów. W podłuczu arkady tęczowej od strony prezbiterium, po stronie północnej znajduje się epitafium ks. Sebastiana Kokwińskiego wystawione przez niego samego jeszcze za życia (1650) – z czarnego marmuru, w uszatym, wczesnobarokowym obramieniu z herbem Cholewa i portretem na blasze. Po stronie południowej jest epitafium ks. Stefana Żuchowskiego (zm. 1715) wykonane przez Kacpra Bażankę – z czarnego marmuru, w późnobarokowym, wolutowym obramieniu z herbem Brodzic i portretem na blasze.

Na filarze naprzeciwko ambony, od strony prezbiterium znajduje się kamienne, inskrypcyjne epitafium Stanisława Chroberskiego, podczaszego koronnego i chorążego królewskiego, ufundowane w 1520 przez Stanisława Tarłę ze Szczekarzowic. Nad nim wotywny, wczesnorenesansowy obraz z wielofiguralną sceną Wskrzeszenia Piotrowina przez św. Stanisława, z klęczącymi postaciami Tarły i Chroberskiego. W ścianie kruchty zachodniej umieszczona jest płyta z nagrobka Mikołaja Orłowskiego, wystawionego w 1549 – renesansowa, kamienna, z płaskorzeźbioną, leżącą postacią rycerza z tarczą herbu Junosza.

Na wyposażeniu kościoła znajduje się wiele zabytkowych przedmiotów oraz sprzętów i szat liturgicznych. Są to między innymi gotycki, przenośny ołtarzyk z kości słoniowej (początek XV wieku), wenecki; wielki, drewniany, wczesnoklasycystyczny relikwiarz (około 1785), w formie szerokiego retabulum; kwatera gotycko-renesansowego tryptyku (około 1520 - 1530); portrety dostojników kościelnych z XVII – XIX wieku; rokokowe monstrancje; kielichy (od późnogotyckiego po rokokowe); puszki z XVII wieku i inne naczynia liturgiczne z XVII – XVIII wieku; ornaty z XVII – XIX wieku; kapy i dalmatyki z XVIII wieku; haftowane antepedia z XVII – XVIII wieku; nakrycia ołtarzowe z XVIII wieku.

Biblioteka i archiwum kapitulne (w 2006 włączone do Biblioteki Diecezjalnej) zawierają między innymi rękopisy z XIV – XVI wieku, księgi miejskie, dokumenty kapituły, starodruki z XVI – XIX wieku.