Małopolska na zachodzie sięgała mniej więcej po linie rzek: Białej (granica między dawnymi diecezjami wrocławską i krakowską), Wisły, dolnej Przemszy, Brynicy, Liswarty - do ujścia do Warty, stąd granica Małopolski biegła na północy po Pilicę powyżej Szczekocin i w górę jej biegu oraz po linię łączącą Maciejowice i Sławatycze.

Na wschodzie obejmowała dzisiejszą ziemię lubelską, chełmską i przemyską, od końca XVI wieku zaliczano do niej również ziemie ruskie Rzeczypospolitej.

Obszar pierwotnej Małopolski, leżący w obecnych granicach Polski, stanowiły dzisiejsze województwa: małopolskie, lubelskie, świętokrzyskie i podkarpackie oraz części województw mazowieckiego (południowa), łódzkiego (wschodnia część) i śląskiego (wschodnia i północna część).

Północna część regionu to Niż Polski (południowa część Niziny Mazowieckiej oraz zachodni skrawek Polesia Lubelskiego). Środkowy pas krainy stanową Wyżyny i Kotliny (Wyżyna Krakowsko-Częstochowska, Wyżyna Małopolska i Wyżyna Lubelska oraz Kotlina Sandomierska i Kotlina Oświęcimska.